Tính tới thời điểm hiện tại, có 11 Viện nghiên cứu trực thuộc sự quản lý của Bộ, bao gồm: Viện Năng lượng, Viện Công nghiệp Giấy và Xenluylo, Viện Nghiên cứu Da giầy, Viện Nghiên cứu Sành sứ Thủy tinh Công nghiệp, Viện Nghiên cứu Cơ khí, Viện Nghiên cứu Thiết kế Chế tạo Máy Nông nghiệp, Viện Khoa học Công nghệ Mỏ - Luyện kim, Viện Nghiên cứu Điện tử - Tin học - Tự động hóa; Viện Công nghiệp Thực phẩm, Viện Nghiên cứu Dầu và Cây có dầu; Viện Nghiên cứu Chiến lược Chính sách Công Thương.